Třináct dní po komunistickém převratu byl ministr zahraničí Jan Masaryk nalezen mrtev pod oknem své koupelny na nádvoří Černínského paláce. Jeho smrt obestíralo dlouhá léta tajemství, poslední vyšetřování bylo v roce 2003 uzavřeno jako vražda provedená neznámými pachateli.
V komunistického převratu v únoru 1948 odmítl Jan Masaryk jako jediný nekomunistický ministr Gottwaldovy vlády rezignovat. Den před svou smrtí se připravoval na vystoupení v Národním shromáždění a o samotě jednal s prezidentem Edvardem Benešem v jeho vile v Sezimově Ústí.
Poté se vrátil do svého služebního bytu v Černínském paláci, aby si připravil projev, který chtěl přednést následující den před poslanci při oficiálním představení nové vlády, v níž byl jediným nekomunistickým ministrem.
V pět hodin odpoledne se sešel se zástupcem britského velvyslanectví, se kterým jednal asi 20 minut. Potěšilo ho sdělení, že západní tisk vidí v jeho účasti v komunistické vládě určitý náznak udržení demokracie v Československu.
Sebevražda?
Před osmou hodinou mu přinesl komorník Bohumil Příhoda večeři a otevřel velké vysoké okno v ložnici. To zůstalo až do rána otevřeno a k němu přibylo otevřené osudové okno v koupelně. V půl sedmé ráno byl Masaryk nalezen mrtev pod oknem koupelny svého bytu v Černínském paláci. V koupelně byl nepořádek, rozházené polštáře z ložnice, z nichž jeden se nalézal přímo ve vypuštěné vaně.
Pár hodin poté už přečetli na zasedání Národního shromáždění oficiální zprávu o jeho úmrtí, která hovořila o sebevraždě z depresí, i když byla vydána před výsledkem soudní pitvy a nenašel se dopis na rozloučenou. Vyšetřování převzala od kriminalistů Státní bezpečnost.
O oficiálně prezentovaných okolnostech jeho úmrtí pochyboval jeho bývalý tajemník Mojmír Konečný, kterého zpráva o smrti Jana Masaryka zastihla na cestě do Číny:
„Když jsem vystoupil z lodi v Singapuru, koupil jsem si noviny. Velký titulek hlásal: ‚Masaryk jumped to his death!‛ čili Masaryk si skočil pro smrt. Takhle jsem se dozvěděl tuto smutnou událost,“ vzpomínal pro Paměť národa. Jana Masaryka považoval za nejlepšího šéfa, kterého kdy měl, a k jeho údajné sebevraždě uvedl:
„Masaryk podepisoval spisy často i večer. Když jsem chodíval s dokumenty k němu do ložnice, tak jsem si všiml, že koupelna byla za ním. Řekl bych, že byla velmi nevhodná pro sebevražedný skok, protože okno v koupelně bylo zataraseno velikou komodou. Takže kdyby chtěl skočit tím navíc úzkým okýnkem, musel by přelézat přes tu komodu. Jednoduše hrozně nesnadné, kdežto z ložnice mohl skočit velmi jednoduše.“
Vražda!
Nejasné úmrtí bylo předmětem několika vyšetřování: v roce 1948, 1968–1969, 1993–1996 a 2001–2003, přičemž se jejich závěry různily nebo byly přímo v rozporu. Při posledním vyšetřování dospěl dne 22. 12. 2003 Úřad dokumentace a vyšetřování zločinů komunismu k závěru, že byl Jan Masaryk ve svém služebním bytě zavražděn.
Vraždy se měli dopustit neznámí pachatelé tím, že dne 10. března 1948 v blíže nezjištěném čase fyzicky napadli ministra a z výšky 14,5 m ho svrhli na nádvoří. Protože se nepodařilo zjistit skutečnosti opravňující zahájit trestní stíhání, rozhodl ÚDV o odložení prověřování podezření z trestného činu vraždy.
Mojmír Konečný stál v čele Nadace Jana Masaryka a podílel se na vydávání jeho sebraných spisů a korespondence. Marně se pokoušel o umístění pamětní desky Jana Masaryka na Černínském paláci.
Funkce ministra zahraničí se po Janu Masarykovi ujal slovenský komunistický politik Vladimír Clementis, kterého nechal Klement Gottwald v prosinci 1952 popravit na základě vykonstruovaného procesu s protistátním spikleneckým centrem Rudolfa Slánského.
Jan Masaryk se narodil 14. září 1886 v Praze na Vinohradech ve vile Osvěta jako třetí potomek Tomáše Garrigua Masaryka a jeho americké manželky Charlotty. Anglicky proto uměl stejně dobře jako česky a po nezdárném mládí se nakonec stal československým diplomatem a ministrem zahraničí.
Ve společnosti byl velmi oblíbený pro své pochopení, šarm a vtip. Jeho emotivní projevy vysílané z Londýna v období druhé světové války pomáhaly udržovat naději. Rád hrál na klavír, za války nahrál ve Spojených státech s českou sopranistkou Jarmilovou Novotnou výběr lidových písní Lidické písně (Songs for Lidice). Po zhroucení demokracie v Československu se chtěl se svou přítelkyní, americkou spisovatelkou Marcií Davenportovou, usadit v Londýně. Místo nového života ale přišla smrt.