Tisíce lidí dorazily v neděli 16. září 1945 do Terezína na pohřeb 601 exhumovaných z hromadných hrobů. Za terezínské vězeňkyně promluvila Milada Horáková, která usilovala o zajištění péče o pozůstalé po obětech nacismu.
Právě na přání pozůstalých vznikl v Terezíně Národní hřbitov, na kterém byly pohřbeny ostatky vězňů z šesti hromadných hrobů u Malé pevnosti. Do nich na příkaz sadistického velitele věznice gestapa Malá pevnost Heinricha Jöckela pohřbívali v období od 1. března do 7. května 1945 popravené a vězně z pochodů smrti a evakuačních transportů na konci války.
Exhumace hromadných hrobů trvala pět dní a skončila necelé dva týdny před pohřbem 4. září 1945. Totožnost se podařilo zjistit pouze u 200 obětí z 601 nalezených ostatků těl. Jejich hroby se staly základem Národního hřbitova v prostoru před Malou pevností.
Národního pohřbu se 16. září 1945 účastnili bývalí vězni, pozůstalí, představitelé politického a veřejného života poválečného Československa včetně ministra zahraničí Jana Masaryka, za vězněné ženy promluvila Milada Horáková, která byla v Malé pevnosti vězněna od června 1942 do června 1944.
Terezín se po založení Národního hřbitova stal místem každoroční vzpomínkové tryzny za oběti nacismu, která se poprvé konala 12. května 1946 a poté každý rok o třetí květnové neděli s výjimkou letoška kvůli koronaviru.
Na Národním hřbitově se nachází ostatky 10 tisíc osob — zemřelých ve věznici Malá pevnost, terezínském ghettu, koncentračním táboře v Litoměřicích a během transportů či pochodů smrti. Jejich ostatky byly v okolí Terezína, Litoměřic a Lovosic objevovány až do roku 1958, kdy došlo při stavebních pracích v blízkosti bývalé podzemní továrny Richard k nálezu hrobu s popelem židovských vězňů. Na hřbitově dnes najdete 2 386 žulových pomníčků, které nahradily původní mohyly s dřevěnými křížky.
