Synagoga byla v plamenech a hrnul se z ní štiplavý dým. Nocí se ozýval praskot a řinčení skel. Město zdobila téměř půl století. Byla noc z 15. na 16. března 1939, první noc a den nacistické okupace Československa.
„Najednou vidím nad stromy takový obrovský dým a to byl dým, který vycházel ze zapálené olomoucké, krásné olomoucké synagogy, která byla prakticky nová a byla překrásně vyzdobená. Hořela hlavně kopule a další věci, které zapálili nacističtí pomahači. Takoví ti olomoučtí nacisté,” vzpomínal na vypálení synagogy pro Paměť národa Vladimír Měřínský.
I v dalších výpovědích očitých svědků se objevuje klíčová role českých Němců či nacistů na zapálení olomoucké synagogy. Jejich vinu se ovšem nikdy nepodařilo prokázat, i když se na velké zahradě kolem synagogy našly zápalné bombičky, které údajně házeli okny do budovy.
V roce 2013 popisovala požár a roli nacistů pamětnice Stanislava Šprincová pro Paměť národa takto: „Já jsem slyšela: ,Hoří synagoga!‘ Tak jsem se tam šla podívat. Valil se z ní strašný kouř a kolem byly hlídky. Zajímavé bylo, že to byli čeští fašisti, kteří hlídali, aby se hasiči nedostali k hašení.” Podobně se o vypálení synagogy zmiňovala i další pamětnice Edita Šťastná: „Říkalo se, že Němci hasičům zakázali jít hasit. Začalo se hasit až k ránu, když z kopule synagogy šlehaly plameny.”
Po uhašení se Olomoučanům naskytl smutný pohled na vypálenou monumentální stavbu. Do budovy se mezi prvními dostal tehdy osmiletý Petr Broch: „Nejdříve mě omráčil strašný zápach spáleného dřeva. Nechtěl jsem věřit vlastním očím, skoro vše bylo spálené, stěny od kouře a plamenů černé. Žár vyrazil i barevná okna, měl jsem obavu, že strop se každou chvíli zřítí. Nikdy na to nezapomenu.”
Osud této stavby byl zpečetěn přikázanou likvidací ohořelých trosek. Tomuto nařízení podlehl i sousedící rabínský dům, ten ovšem nebyl požárem nijak poničen. Demolice probíhala od listopadu 1939 do března 1940. Do dnešních dnů se z interiéru zachovalo několik dřevěných lavic a osm vitrážových oken.
Vypálení synagogy bylo pro olomoucké Židy předzvěstí těžkých časů. Během druhé světové války bylo z moravského města vypraveno do nacistických lágrů pět transportů. Z celkového počtu 3 507 lidí deportovaných z Olomouce a jejího okolí se konce války dočkalo pouze 294 z nich. Oběti nacistického vraždění připomínají v ulicích města Kameny zmizelých. Jsou to mosazné dlažební kostky, které nesou jména konkrétních lidí zabitých během holocaustu. Na místě, kde stála krásná budova židovské synagogy, je dnes parkoviště. Její existenci zde připomíná pouze pamětní deska…
